Mai Mai Shinko to Sennen no Mahou kể về câu chuyện của một cô bé 9 tuổi tên Shinko, một cô bé có một trí tưởng tượng phong phú đến tuyệt vời. Qua những câu chuyện do ông kể, cô bé hình dung ra được mọi thứ từ nghìn năm trước một cách vô cùng sống động. Và rồi một hôm, một cô bé nhút nhát tên là Kiiko từ Tokyo chuyển đến ngôi làng nhỏ bé của Shinko. Cũng từ đó nhờ vào trí tưởng tượng của Shinko mà câu chuyện về tình bạn bắt đầu, cả hai cùng đắm mình vào chuyến phiêu lưu về câu chuyện của nghìn năm trước.